ZNF292

ZNF654 N-Terminal Analysis

Secondary Structure Prediction

1 60 MAEEESDQEAERLGEELVAIVESPLGPVGLRAAGDGRGGAGSGNCGGGVGISSRDYCRRF α0 α2 hh---p-p-h-+hs--hhhhh-pshsshsh+hhs-s+sshspspsssshshpp+-hs++h sidechain hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh hhhhHHHHHHHH consensus LLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHSLLLLEEEEELLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHH RaptorX CCCHHHHHCCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCTSCHHHHHHHHHHHH Scratch HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCTTCCEEEEHHHHHHHH SOPMA CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHH APSSP 61 120 CQVVEDYAGRWQVPLPQLQVLQTALCCFTTASASFPDECEHVQYVLSSLAVSFFELLLFF α3 α4 sphh--hhs+hphshsphphhpphhsshpphphphs--s-+hphhhpphhhphh-hhhhh sidechain HHHHHHHH h hHHHHHHHHHHHHHHHhhhh hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH consensus HHHHHHHHTTLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLSLLLTTLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHL RaptorX HHHHHHHHTHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC Scratch HHHHHHHTTCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEE SOPMA HHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC APSSP 121 180 GRDEFYEEPLKDILGSFQECQNHLRRYGNVNLELVTRIIRDGGPWEDPVLQAVLKAQPAS α5 α6 α7 s+--hh--sh+-hhsphp-spp+h++hsphph-hhp+hh+-sssh--shhphhh+hpshp sidechain hhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh hhHHHHHHHHH hHHHHHHHHh consensus LGGGTLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTLLHHHHHHHHHHHTTLTTGLHHHHHHHHTLLLL RaptorX CTTCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHTTCCCCCHHHHHHHTTCCCC Scratch CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCHHHHHHHHHTTCCCCCHHHHHHHHHCCCC SOPMA CHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCC APSSP 181 240 QEIVNKYLSSENPLFFELRARYLIACERIPEAMALIKSCINHPEISKDLYFHQALFTCLF α8 α9 α10 α11 p-hhp+hhpp-pshhh-h+h+hhhhs-+hs-hhhhh+pshp+s-hp+-hhh+phhhpshh sidechain HHHHHHHHHh hHHHHHHHHHHHHH hhHHHHHHHHHHhh hhh hhHHHHHHHHHHHH consensus HHHHHHHHHTSLHHHHHHHHHHHHHTTLHHHHHHHHHHHHTLGGGTTTHHHHHHHHHHHH RaptorX HHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHCTTHTTHHHHHHHHHHHHH Scratch HHHHHHHHHTTCCHEEEHHHHEEEHHTCCHHHHHHHHHHCCCTTCCHHHHHHHHHHHHHH SOPMA HHHHHHHHHCCCCEHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCEEEEEEEEEE APSSP 241 300 MSPVEDQLFREHLLKTDCKSGIDIICNAEKEGKTMLALQLCESFLIPQLQNGDMYCIWEL α12 α13 α14 hpsh--phh+-+hh+p-s+psh-hhsph-+-s+phhhhphs-phhhsphpps-hhshh-h sidechain HhhhHHHHHHHHHHH hHHHHHHHHHhhh HHHHHHHHHHHHHHHHH hhhhhHH consensus HSLLHHHHHHHHHHTSLLHHHHHHHHHHHHTTLHHHHHHHHHHHHHHHHHTTLLLHHHHH RaptorX HCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCTCHHHHHHH Scratch HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEHCCTTTCHEEEEEHHHHHHHHHCCTTCEEEEEEE SOPMA CCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEHH APSSP 301 360 IFIWSKLQLKSNPSKQVFVDQCYQLLRTATNVRVIFPFMKIIKDEVEEEGLQICVEICGC α15 α16a α16b α16c hhhhp+hph+ppsp+phhh-pshphh+phpph+hhhshh+hh+--h---shphsh-hsss sidechain HHHHHHHhhh HHHHHHHHHHHHHHhhhHhhhhHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHhhh consensus HHHHHHHTLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHLSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHH RaptorX HHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHH Scratch EEEEHHEEECCCTTCCEEHHHHHHHHHHHTCHEEECHHHHHHHHHHHHHHHEEEEHHTTC SOPMA HHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEEEEEEECCHHCCCHHHHHHHHHECC APSSP 361 420 ALLQDLHDDPKTKCLIYKTIAHFLPNDLEILRICALSIFFLERSLEAYRTVEELYKRPDE α17 α18 α19 hhph-h+--s+p+shhh+phh+hhsp-h-hh+hshhphhhh-+ph-hh+ph--hh++s-- hhh hhHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHhhhHHHHHHHHHHHh consensus HHTLLTTLLHHHHHHHHHHHHHHLTTLHHHHHHHHHHHHHHLLLTTLLLHHHHHHTLTTL RaptorX HHHCCCTTCHHHHHHHHHHHHHHCTTCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCTTC Scratch EEEEECCCCTTCCEEEHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC SOPMA EEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCC APSSP 421 480 EYNEGTSSVQNRVRFELLPILKKGLFFDPEFWNFVMIKKNCVALLSDKSAVRFLNESTLE α20 α21a α21b -hp-sppphpp+h+h-hhshh++shhh-s-hhphhhh++pshhhhp-+phh+hhp-pph- sidechain hhhhhhhhHHHHHHHh hhHHhHHHHHHHHHHHHhhhHHhhhhhHHhHh consensus LLLELLLHHHHHHHHHHHHHHHTLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLSLLLLLLLLLLLHL RaptorX CCCTTCCCCCTCEEEHHHHHHHTTCCCCHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHH Scratch CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCCTTHHEEEEECCCHEEEHHHHHHHHHHHHHHHH SOPMA CCCCCCCCCCCCEEEEEHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHEEECHHHCCC APSSP 481 540 NNAGNLKRTEEQQGLDEGFDSLTDQSTGETDPDDVSGVQPKGHINTKKNLTALSTSKVDH α22 α23 α24 pphsph++p--ppsh--sh-php-ppps-p-s--hpshps+s+hpp++phphhppp+h-+ sidechain hhhh hhhhh hhhhhhhh hh consensus LLLLLLLLLHHHLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHLLLLLLL RaptorX CCCCCCTCCCCCTCCCTTCCCCCCCCTTCCCCTCCTCCCCTTCCCCCCCCCGTCCCCCCT Scratch HHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCCC SOPMA CCCCCCCCHHHHHCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCCCC APSSP 541 546 NVPRHR phs+++ sidechain h consensus LLLLEE RaptorX CCCCCC Scratch CCCCCH SOPMA CCCCCC APSSP

ZNF654 N-Terminal Helices

Putative alpha helix	Physico-chemical properties	Plots from HeliQuest
α0 EEESDQEAERLGEELVAIVE (3-22)	H=0.055 μH=0.362 Z=-8 Hydrophobic face I L
α2 SRDYCRRFCQVVEDYA (53-68)	H=0.254 μH=0.572 Z=0
α3 PQLQVLQTALCCFTTA (76-91)	H=0.791 μH=0.170 Z=0
α4 EHVQYVLSSLAVSFFELLL (100-118)	H=0.817 μH=0.300 Z=-2 Hydrophobic face V L L V F L L A
α5 EEPLKDILGSFQECQNHLR (127-145)	H=0.279 μH=0.594 Z=-2 Hydrophobic face I L F L
α6 LELVTRIIR (152-160)	H=0.647 μH=0.710 Z=1
α7 PVLQAVLK (168-175)
α8 QEIVNKYLS (181-189)	H=0.354 μH=0.531 Z=0
α9 PLFFELRARYLIA (193-205)	H=0.778 μH=0.081 Z=1
α10 IPEAMALIKSCI (209-220)	H=0.795 μH=0.521 Z=0
α11 LYFHQALFTCLF (229-240)	H=1.121 μH=0.228 Z=0
α12 SPVEDQLFREHLL (242-254)	H=0.434 μH=0.073 Z=-2
α13 KSGIDIICNAE (259-269)	H=0.383 μH=0.328 Z=-1
α14 TMLALQLCESFLIPQLQ (274-290) Likely a kink at C residue	H=0.871 μH=0.115 Z=-1
α15 IFIWSKL (301-307) Ambiguous	H=1.187 Z=1
α16a KQVFVDQCYQLLRT (315-328)	H=0.497 μH=0.402 Z=1
α16b IFPFMKIIKDEVEE (335-348)	H=0.534 μH=0.498 Z=-2 Hydrophobic face : I I V M V
α16c EICGCAL (356-362)	H=0.893 Z=-1
α17 PKTKCLIYKTIAHF (370-383)	H=0.593 μH=0.278 Z=3
α18 LEILRICALSIFFL (388-401)	H=1.139 μH=0.220 Z=0
α19 LEAYRTVEELY (405-415)	H=0.380 μH=0.438 Z=-2
α20 LLPILK (437-442)	H=1.105 Z=1
α21a FVMIKKNCVALL (454-465) With kink in middle	H=0.827 μH=0.437 Z=2
α21b STLE (477-480)	H=0.32 Z=-1
α22 LKRTEEQ (486-492) Ambiguous	H=-0.22 Z=0
α23 GFDSLTD (498-504) Ambiguos	H=0.358 Z=-2
α24 TKKNLT (526-531) Ambiguos	H=-0.088 Z=2

PSIPRED Results

psipred