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Secondary Structure Prediction
Consensus key: ■=100% ■=90% ■=80% ■=70% ■=<%70 blank=no match -=insert Variation key: ■=1 ■=1…10 ■=10…100 ■>100 blank=none 1 60 100% MADGKGts.........uss...................s.ss.ss.tLhssLhpLcs.L 90% MADGKGDAA.sAGAGAEAPAssGAGDGs-TESMsRGHpPsSPsPGA.GLRPCLWQLETEL 80% MADGKGDAAssAGAGAEAPAssGAGDGsETESMsRGHpPsSPAPGA.GLRPCLWQLETEL 70% MADGKGDAAssAGAGAEAPAssGAGDGsETESMsRGHRPsSPAPGAsGLRPCLWQLETEL ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ MADGKGDAAAVAGAGAEAPAVAGAGDGVETESMVRGHRPVSPAPGASGLRPCLWQLETEL α0a α0b α0c α1 hh-s+s-hhhhhshsh-hshhhshs-sh-p-phh+s++shpshsshpsh+sshhph-p-h sidechain h hhhHHHHhh hhhh hhhHHHHhh h hhHhHhHHHHHHHHHHHH consensus LLLLLLLHHHHLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLTHLHTHHHHHHHHHHHH RaptorX CCCTHHHHHHHHHTTCCCCCECCCTTHHHHHHHHHTHCCTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH Scratch EHTTTCHHHHHHHTTCCCHHHHCCCCCCCHHHHHTTCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH SOPMA CCCCCCCHHEECCCCCCCHHHCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHECCHHH APSSP 61 120 100% +-p-VStlSS.sYCtpFCphLhQaspppsASEphhhhhtVYthAlpSFAoARPaLTTECE 90% REQEVSEVSSLNYCRSFCQTLLQYASsKNASEHhVYLLEVYRLAIQSFASARPYLTTECE 80% REQEVSEVSSLNYCRSFCQTLLQYASNKNASEHhVYLLEVYRLAIQSFASARPYLTTECE 70% REQEVSEVSSLNYCRSFCQTLLQYASNKNASEHIVYLLEVYRLAIQSFASARPYLTTECE ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ REQEVSEVSSLNYCRSFCQTLLQYASNKNASEHIVYLLEVYRLAIQSFASARPYLTTECE α2 α3 +-p-hp-hpphphs+phspphhphhpp+php-+hhhhh-hh+hhhpphhph+shhpp-s- sidechain HhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh hhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhh hH consensus HTLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLTTLLTTLH RaptorX HTTCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCCTTCH Scratch HHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHTCCCCCCCCHH SOPMA HHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCCCCEHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCHH APSSP 121 180 100% DVLLlLGRLh.................................................. 90% DVLLVLGRLVLSCFELLLSVoESELPCEsWl.FLQSLQESHDALLEFGNNNLQILVHVsp 80% DVLLVLGRLVLSCFELLLSVSESELPCEsWl.FLQSLQESHDALLEFGNNNLQILVHVTK 70% DVLLVLGRLVLSCFELLLSVSESELPCEVWl.FLQSLQESHDALLEFGNNNLQILVHVTK ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ DVLLVLGRLVLSCFELLLSVSESELPCEVWLPFLQSLQESHDALLEFGNNNLQILVHVTK α4 α5 α6 -hhhhhs+hhhpsh-hhhphp-p-hss-hhhshhpphp-p+-hhh-hsppphphhh+hp+ sidechain HHHHHHHHHHHHHHHHHhh HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh hhHHHHHHHHh consensus HHHHHHHHHHHHHHHHHTTSLGGGSLLGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLHHHHHHHHHHH RaptorX HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCTTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHT Scratch HHHHHHHHHHHHHHHHHEECCTTCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCHHHHHHHHT SOPMA HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEC APSSP 181 240 100% ..................p.-thpKLIuQEGs.FLQMRIKHLh+SNhI.QAh.LSKlCu- 90% tGsWKNPlLLKILSQQPVETEEVNKLIAQEGP.FLQMRIKHLLKSNCIPQATALSKLCAE 80% EGVWKNPlLLKILSQQPVETEEVNKLIAQEGPSFLQMRIKHLLKSNCIPQATALSKLCAE 70% EGVWKNPVLLKILSQQPVETEEVNKLIAQEGPSFLQMRIKHLLKSNCIPQATALSKLCAE ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ EGVWKNPVLLKILSQQPVETEEVNKLIAQEGPSFLQMRIKHLLKSNCIPQATALSKLCAE α7 α8 α9 α10 -shh+pshhh+hhpppsh-p--hp+hhhp-ssphhph+h++hh+ppshsphphhp+hsh- sidechain h HHHHHHHh HHHHHHHHHHh hHHHHHHHHHHHHh hHHHHHHHHHHHh consensus HSGGGSHHHHHHHHTLLLLHHHHHHHHHHHLTHHHHHHHHHHHHTTLHHHHHHHHHHHHH RaptorX TSCCCCHHHHHHHTTCCCCHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHH Scratch TTCCCCCHEEHHHCCCCCCHHHHHHHHHHTCCCEEEHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHC SOPMA CCCECCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCC APSSP 241 300 100% StEhsps..FpQuahTCLCo.LPsE-....IuKhDsK-lLDhICNLESEGQDNTAFlLCT 90% SKEIuNVSSFQQAYlTCLCShLPNEDAIKEIAKVDCKElLDIICNLESEGQDNTAFVLCT 80% SKEISNVSSFQQAYITCLCShLPNEDAIKEIAKVDCKElLDIICNLESEGQDNTAFVLCT 70% SKEISNVSSFQQAYITCLCShLPNEDAIKEIAKVDCKElLDIICNLESEGQDNTAFVLCT ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ SKEISNVSSFQQAYITCLCSMLPNEDAIKEIAKVDCKEVLDIICNLESEGQDNTAFVLCT α11 α12 α13 α14 p+-hpphpphpphhhpshsphhsp--hh+-hh+h-s+-hh-hhsph-p-sp-pphhhhsp sidechain hhh hhHHHHHHHHHHHHh hHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHhh hhHhhhhhH consensus LGGGTTLLHHHHHHHHHHHHHLLLHHHHHHHHTSLHHHHHHHHHHHLLTTLLHHHHHHHH RaptorX CTTHTTHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHH Scratch CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCHEEEEEH SOPMA CHHHCCCCHHHEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEH APSSP 301 360 100% TYhTQQLQst.s.CSWELTLFWSKLQRRIDsulpTFLERCRQFGVIAKTQQHLFhLIRVl 90% TYLTQQLQTASVYCSWELTLFWSKLQRRIDPSlDTFLERCRQFGVIAKTQQHLFCLIRVI 80% TYLTQQLQTASVYCSWELTLFWSKLQRRIDPSLDTFLERCRQFGVIAKTQQHLFCLIRVI 70% TYLTQQLQTASVYCSWELTLFWSKLQRRIDPSLDTFLERCRQFGVIAKTQQHLFCLIRVI ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ TYLTQQLQTASVYCSWELTLFWSKLQRRIDPSLDTFLERCRQFGVIAKTQQHLFCLIRVI α15 α16a α16b phhppphpphphhsph-hphhhp+hp++h-sph-phh-+s+phshhh+ppp+hhshh+hh sidechain HHHHHHHhh hhHHHHHHHHHHHHHHH hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH consensus HHHHHHHHHTTSHHHHHHHHHHHHHHHHSLTTHHHHHHHHHHHHHHLSSHHHHHHHHHHH RaptorX HHHHHHHHCTCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH Scratch HHHHHHHCCCCCEHHHHHHHHHHHHHHHCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH SOPMA HHHHHHCCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH APSSP 361 420 100% psEAt-tGl.lullLClRALQl.osEs-thKsSVCKTIuCLLPtDLEVRRACQLTEFLhE 90% QTEAQDAGLGVSILLCVRALQLRSSEDEEMKASVCKTIACLLPEDLEVRRACQLTEFLIE 80% QTEAQDAGLGVSILLCVRALQLRSSEDEEMKASVCKTIACLLPEDLEVRRACQLTEFLIE 70% QTEAQDAGLGVSILLCVRALQLRSSEDEEMKASVCKTIACLLPEDLEVRRACQLTEFLIE ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ QTEAQDAGLGVSILLCVRALQLRSSEDEEMKASVCKTIACLLPEDLEVRRACQLTEFLIE α16c α17 α18 pp-hp-hshshphhhsh+hhph+pp----h+hphs+phhshhs--h-h++hsphp-hhh- sidechain HHHHHH hHHHHHHHHHHHh HHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHH consensus HHHHHHTTHHHHHHHHHHHHLLLLLSLHHHHHHHHHHHHHHSTTHHHHHHHHHHHHHHHL RaptorX HHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHCCCTCCHHHHHHHHHHHHHHCTTHHHHHHHHHHHHHHCC Scratch HHHHHHTTCHEEEEHHHHHHEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCTHHHHHHHHHHHHHHHC SOPMA HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHECCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCHHHHHHC APSSP 421 480 100% PohDGhNhLE-La.QPDQK.DEEsuslsNSLRCELLLALKuHW.FDPEFWDWKTLKRHCh 90% PSLDGFNMLEELY.QPDQKFDEENAPVPNSLRCELLLALKAHWPFDPEFWDWKTLKRHCH 80% PSLDGFNMLEELYlQPDQKFDEENAPVPNSLRCELLLALKAHWPFDPEFWDWKTLKRHCH 70% PSLDGFNMLEELYLQPDQKFDEENAPVPNSLRCELLLALKAHWPFDPEFWDWKTLKRHCH ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ PSLDGFNMLEELYLQPDQKFDEENAPVPNSLRCELLLALKAHWPFDPEFWDWKTLKRHCH α19 α20 α21a sph-shphh--hhhps-p+h---phshspph+s-hhhhh+h+hsh-s-hh-h+ph+++s+ sidechain HHHHHHHHHHHh hhhHHHHHHHHHh h hhhHHHHHHHHH consensus TLHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLLLLLLSHHHHHHHHHHTTLLLLTTTSLHHHHHHHHH RaptorX CCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCTTSCCCCTCEHHHHHHHHHHTCCCCHTHHHHHHHHHHHH Scratch CTHHHHHHHHHHECCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCTHHHHHHHHHHHH SOPMA CCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHH APSSP 481 540 100% pLLGptsSDp--s..h.p..lN-TDVhps.husY--.h-ctQhp...hssp.cpp+sKKP 90% QLLGQEASDSDDDLSGYEhSINDTDVLESFLSDY-EuKEDKQYRRRDlTDppKEKRDKKP 80% QLLGQEASDSDDDLSGYEMSINDTDVLESFLSDY-EGKEDKQYRRRDLTDQHKEKRDKKP 70% QLLGQEASDSDDDLSGYEMSINDTDVLESFLSDY-EGKEDKQYRRRDLTDQHKEKRDKKP ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ QLLGQEASDSDDDLSGYEMSINDTDVLESFLSDYDEGKEDKQYRRRDLTDQHKEKRDKKP α21b α22 α23 phhsp-hp-p---hpsh-hphp-p-hh-phhp-h--s+--+ph+++-hp-p++-++-++s sidechain HHHhhhhhhhhhhhhhhh h hhhhhhhHhhh hhH hhhHHHHHh consensus HHHLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHLLLLL RaptorX HHHHHHHHHHHHHHCTTCCCHCCTCCCCTHCTCCCTCCCCCCCCHTCCTCHHHHHCTCCC Scratch HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHCCCCCCCHHHHCCCC SOPMA HHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHCCCCCHHHHHHCCCC APSSP 541 556 100% hGSSERYpRWLQYKFa 90% IGSSERYQRWLQYKFF 80% IGSSERYQRWLQYKFF 70% IGSSERYQRWLQYKFF ■■■■■■■■■■■■■■■■ IGSSERYQRWLQYKFF α24 hspp-+hp+hhph+hh sidechain hHHHHHHHHhhhh consensus LLLLHHHHLLLLLLLL RaptorX CCCHHHHHHHHHHHCC Scratch CCCCHHHHHHHHHHHH SOPMA CCCHHHHHHHHHCCCC APSSP RLF N-Terminal Helices
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