 |
HOME CONSERVATION C-TERMINAL ANALYSES DNA AND RNA SEQUENCES RESEARCH QUESTIONS RESULTS RESOURCES REFERENCES |
|
HOME CONSERVATION C-TERMINAL ANALYSES DNA AND RNA SEQUENCES RESEARCH QUESTIONS RESULTS RESOURCES REFERENCES |
|
|
|
The C-terminal and ZNF292 and RLF (defined as sequences after the final zinc finger motif) have limited sequence homology, but some shared sequences suggesting a common function.
NLS Both contain a predicted nuclear localization sequence in their C-terminal though they do not align. PxVxL Both contain a PxVxL sequence within a predicted β-sheet that align with one another. This is a common feature of proteins that interact with the chromo shadow domain (CSD) of CBX1, CBX3 and CBX5 of the HP1 complex (Thiru 2004). ZNF292 copurifies with affinity purification of CBX3. RLF copurifies with all three. The PxVxL suggests a direct interaction with CBXn proteins. The CSD is thought to mediate dimmer interaction between CBXn proteins (Ostapcuk 2018). The PxVxL motif binds at the site where the two CBXn interact and is dependent on their dimerization. Coiled-coil Only ZNF292 has a predicted coiled-coil. Consensus key: ■=100% ■=90% ■=80% ■=70% ■=<%70 blank=no match -=insert cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■-■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ZNF292 IEENKPYSLKRGKHVYSIKARNDALSECTS-RFVTQYPCMIKGCTSVVTSESNIIRHYKC 2409 :K. K S:K:R :AL C.. TQYPCM::GC SVV. ES.I:RHYK .....sh.lKctKtshShKsRs-ALp.Csp.p.hTQYPCMlpGChSVVp.ESsIlRHYKp RLF -----CGLIKEKKAPISFKTRAEALHMCVEHSEHTQYPCMVQGCLSVVKLESSIVRHYKR 1572 cons -----■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ZF16 NLS COIL cons ■-■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■-■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ZNF292 H-KLSKAFTSQHRNLLIVFKRCCNSQVKETSEQEG-AKNDVKDSDTCVSESNDNSRTTAT 2467 ::S.S: .Q: : L:V : :::KE .E. . ::. :C SE .::S:: . p.phSpAahpQphp.LlVhh+hs.oplKEps.pEu.sp.chc-scoC.SEps-pS+osus RLF THQMSSAYLEQQMENLVVCVKYG-TKIKEEPPSEADPCIKKEENRSCESERTEHSHSPGD 1631 cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■-■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ cons ----■■■------■■■■■■■■■■------■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ZNF292 ----VSQ------KEVEKNEKDE------MDELTELFITKLINEDSTSVETQANTSSNVS 2511 :.: .E : .:K. :D T L: .L :.S: .TS : . ....lpp......pEh-tspKsp......hDt.T.LahspLhspcSo.h....sTS.p.s RLF SSAPIQNTDCCHSSERDGGQKGCIESSSVFDADTLLYRGTLKCNHSS-K----TTSLEQC 1686 cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■-■----■■■■■■■ NLS cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■-----■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ZNF292 NDFQEDNLCQSERQKASNLKRVNKE-----KNVSQNKKRKVEKAEPASAAELSSVRKEEE 2566 N .Q C: E.. . : .:. :: : :: E. . S:.: .:V:: . N.hQ.ss.Cp.Epphsss.ptsppt.....hpls.s+h+csEp.c.tSuup.soV+p.pc RLF NIVQPPPPCKIENSIPNP-NGTESGTYFTSFQLPLPRIKESET-RQHSSGQENTVKNPTH 1744 cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■-■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■-■■■■■■■■■■■■■■■■ cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■---■■■■■■ ZNF292 TAVAIQTIEEHPASFDWSSFKPMGFEVSFLKFLEESAVKQKKNTDKDHPNT---GNKKGS 2623 . ..:P SFD .::KPMGFE SFLKF::ES K:.. D : : .N.. S ssht..phcppPtSFDhpoaKPMGFEsSFLKFlpESt.Kpcc.sDh-.spp...uNpptS RLF VPKENFRKHSQPRSFDLKTYKPMGFESSFLKFIQESEEKEDDFDDWEPSEHLTLSNSSQS 1804 cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ cons ■■■■-------------■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ ZNF292 HSNS-------------RKNIDKTAVTSGNHVCPCKESETFVQFANPSQLQCSDNVKIVL 2670 .: . ::D :S.. : : : .A: : : . :N:::VL pss..............c.plDhstsoSssplp.shpu.s.l.hApsopl.s.-Nl+lVL RLF SNDLTGNVVANNMVNDSEPEVDIPHSSSDSTIHENLTAIPPLIVAETTTVPSLENLRVVL 1864 cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■---■■■■■■■■■■■■■■ ZNF292 DKNLKDCTELVLKQLQEMKPTVSLKKLEVHSNDPDMSVM---KDISIGKATGRGQY 2723 DK L.DC EL.LKQL: ::P.V L:: :. : D: .::.:G.: DKsLpDCsELsLKQLp.h+PsVsLc+.chpos..Dh.sh...c-lslGpu...... RLF DKALTDCGELALKQLHYLRPVVVLERSKFSTPILDLFPTKKTDELCVGSS------ 1914 cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■------ ZNF292 C-terminal psipred results 
RLF C-terminal psipred results 
|