ZNF292

ZNF292 N-Terminal Analysis

Secondary Structure Prediction

Consensus key: ■=100% ■=90% ■=80% ■=70% ■=<%70 blank=no match -=insert Variation key: ■=1 ■=1…10 ■=10…100 ■>100 blank=none Missing in isoform 2 1 60 100% Mt-.pA..........s.........Epl.pht...ppt.....psus.ah.phh.TLh. 90% MAD-EAEpEphu...GGshhELpRLtEpLpELEptLcESt.PAVpAAo-YCpQLCQTLLE 80% MADEEAEQERLStttGGCsAELQRLGERLQELERpLRESRsPAVEAAT-YCQQLCQTLLE 70% MADEEAEQERLSpGtGGClAELQRLGERLQELERQLRESRVPAVEAAT-YCQQLCQTLLE cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ MADEEAEQERLSCGEGGCVAELQRLGERLQELELQLRESRVPAVEAATDYCQQLCQTLLE vars ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ α0 α1 α2 hh---h-p-+hpss-ssshh-hp+hs-+hp-h-hph+-p+hshh-hhp-hspphspphh- sidechain hhhHHHHHHHh hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhh hHHHHHHHHHHHHHHHHHH consensus LLLHHHHHHHHLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHH RaptorX CCCHHHHHCCCCCCTTCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH Scratch HHHHHHHHHHHCCTTCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH SOPMA CCCCHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH APSSP 61 120 100% Yut+WKh.-Ds.sLlEVYTsAl.SaspstPaLoSpCEpVshVLERLsLSChpLLLsL..- 90% YAEKWKTSEDPLPLLEVYTVAIpSYVKARPYLTSECENVAhVLERLALSCVELLLCLPlE 80% YAEKWKTSEDPLPLLEVYTVAIQSYVKARPYLTSECENVALVLERLALSCVELLLCLPVE 70% YAEKWKTSEDPLPLLEVYTVAIQSYVKARPYLTSECENVALVLERLALSCVELLLCLPVE cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ YAEKWKTSEDPLPLLEVYTVAIQSYVKARPYLTSECENVALVLERLALSCVELLLCLPVE vars ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ α3 α4 hh-+h+pp--shshh-hhphhhpphh+h+shhpp-s-phhhhh-+hhhpsh-hhhshsh- sidechain HHHHh hHHHHHHHHHHHHHHHhhhh hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh consensus HHHHLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLTTLLTTLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTLLTT RaptorX HHHHHCCCTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCTT Scratch HHHHCCCCCCCCCHHHEEHHHHHHHHTCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCCC SOPMA HHHCCCCCCCCEHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC APSSP 121 180 100% lspt.WpphQs.lphAp..L.ppGs.pLphL..lspEpGsWtNshL..Ihs.p..D..p. 90% Ls-ppWEpFQshVQVAHcpLMENGSsELphLuTLuQEoGVWKNPVLssILSQEPLDp-KV 80% LSDKQWEQFQoLVQVAHEKLMENGSCELHFLATLAQETGVWKNPVLCTILSQEPLDKDKV 70% LSDKQWEQFQoLVQVAHEKLMENGSCELHFLATLAQETGVWKNPVLCTILSQEPLDKDKV cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ LSDKQWEQFQTLVQVAHEKLMENGSCELHFLATLAQETGVWKNPVLCTILSQEPLDKDKV vars ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ α5 α6 α7 α8 hp-+ph-phpphhphh+-+hh-psps-h+hhhphhp-pshh+pshhsphhpp-sh-+-+h sidechain HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHh hHHHHHHHHHHh HHHHHHH HHHH LLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLHHHHHHHHHHTTSGGGSHHHHHHHTTSLLLHHHH RaptorX CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHTTCCCCCHHHHHHHTTCCCCHHHH Scratch CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHTTCCCCCEEEEEECCCCCCHHHH SOPMA CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCHHHH APSSP 181 240 100% ....s.cGshLL-MRlKpLhK.tpl.pAs.LA+hCutH.Ehu.pGtFpQhYLsCLssssP 90% NEFLshEGPlLLDMRIKHLlKspQLsQATALAKLCSDHPEIusKGsFKQTYLVCLCouSP 80% NEFLAFEGPILLDMRIKHLIKTpQLSQATALAKLCSDHPEIGoKGSFKQTYLVCLCTSSP 70% NEFLAFEGPILLDMRIKHLIKTsQLSQATALAKLCSDHPEIGTKGSFKQTYLVCLCTSSP cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ NEFLAFEGPILLDMRIKHLIKTNQLSQATALAKLCSDHPEIGIKGSFKQTYLVCLCTSSP vars ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ α9 α10 α11 p-hhhh-sshhh-h+h++hh+ppphpphphhh+hsp-+s-hsh+sph+pphhhshsppps sidechain HHHHHHhhhHHHHHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHhh hhh hhHHhHhhhhhhhh consensus HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTLHHHHHHHHHHHHTLGTTTTLLHHHHHHHHHHHHSLT RaptorX HHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHCTTCTTHHHHHHHHHHHHHHCCC Scratch HHHHHHTCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCCCCCCCCCHEEEEEECCCCC SOPMA HHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCHHHCCCCHHEEEEEEEEECCCC APSSP 241 300 100% p.hhhpElutVDC+DAL-MICNlES-GDEK.uh.LCsuFLoRQL..G-MYCAWELTLFWS 90% NEKLhEEIuEVDCKDALEMICNLES-GDEKsALlLCsAFLSRQLQQG-MYCAWELTLFWS 80% NEKLIEEISEVDCKDALEMICNLESEGDEKSALVLCTAFLSRQLQQGDMYCAWELTLFWS 70% NEKLIEEISEVDCKDALEMICNLESEGDEKSALVLCTAFLSRQLQQGDMYCAWELTLFWS cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ NGKLIEEISEVDCKDALEMICNLESEGDEKSALVLCTAFLSRQLQQGDMYCAWELTLFWS vars ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ α12 α13 α14 α15 ps+hh--hp-h-s+-hh-hhsph-p-s--+phhhhsphhhp+phpps-hhshh-hphhhp sidechain hHHHHHHHHHhhHHHHHHHHHHHhh hhHHHhhhHHHHHHHHHH hHHHHHHHHHHH consensus TSHHHHHHHTSLHHHHHHHHHHHLSTTLHHHHHHHHHHHHHHHHHTTLLHHHHHHHHHHH RaptorX HHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHTCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTCHHHHHHHHHHHH Scratch THHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHEEEHHHHHHHHHCTTCHHHHHHHHHHHH SOPMA CHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHCCCEEEEEEHHHHHH APSSP 301 361 100% KL.pRh-sShQlaL-+CRQhSlLsKTVYHIhFhIKVlpSEh-ssGLssCIEhCl+AL+h- 90% KLQQRVEPSlQVYLERCRQLSLLTKTVYHIFFLIKVINSEhEGAGLATCIELCVKALRLE 80% KLQQRVEPSIQVYLERCRQLSLLTKTVYHIFFLIKVINSETEGAGLATCIELCVKALRLE 70% KLQQRVEPSIQVYLERCRQLSLLTKTVYHIFFLIKVINSETEGAGLATCIELCVKALRLE cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ KLQQRVEPSIQVYLERCRQLSLLTKTVYHIFFLIKVINSETEGAGLATCIELCVKALRLE vars ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ α16a α16b α16c +hpp+h-sphphhh-+s+phphhp+phh+hhhhh+hhpp-p-shshhpsh-hsh+hh+h- sidechain HHHHHh hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHh consensus HHHHHHLTLHHHHHHHHHHHHHHLSHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTHHHHHHHHHHHHHLL RaptorX HHHHHCCTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHCC Scratch HHHHTCCTTHEEEEHHTTHHHHHHHHHHHHEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHC SOPMA HHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHEC APSSP 361 420 100% stEsspsKholCKTlSCLLPpDLEVKRACQLoEFLlEPTVDuYYAVEhLaNpPDQKh-EE 90% SoENs-VKISICKTISCLLPDDLEVKRACQLSEFLlEPTVDAYYAVEMLYNQPDQKYDEE 80% STENTEVKISICKTISCLLPDDLEVKRACQLSEFLIEPTVDAYYAVEMLYNQPDQKYDEE 70% STENTEVKISICKTISCLLPDDLEVKRACQLSEFLIEPTVDAYYAVEMLYNQPDQKYDEE cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ STENTEVKISICKTISCLLPDDLEVKRACQLSEFLIEPTVDAYYAVEMLYNQPDQKYDEE vars ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ α17 α18 α19 pp-pp-h+hphs+phpshhs--h-h++hsphp-hhh-sph-hhhhh-hhhpps-p+h--- sidechain hhHHHHHHHHHHHHhh hHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHh consensus LTSLHHHHHHHHHHHHHHSTTLHHHHHHHHHHHHHHSLLHHHHHHHHHHHTSLLGLLLTT RaptorX CTTCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCTCCCCTT Scratch CCCCCEEEEEEHHHHHEECCTHHHHHHHHHHHHHHHCCTHHHHHHHHEEECCCCCCCCCC SOPMA CCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCC APSSP 421 480 100% sLPlPNSLRCELLLVhKTpWPFDPEFWDWKTLKRpCLtLMGtEASIVSSIDELNDsEl.- 90% NLPIPNSLRCELLLVLKTQWPFDPEFWDWKTLKRQCLALMGEEASIVSSIDELNDSEVYE 80% NLPIPNSLRCELLLVLKTQWPFDPEFWDWKTLKRQCLALMGEEASIVSSIDELNDSEVYE 70% NLPIPNSLRCELLLVLKTQWPFDPEFWDWKTLKRQCLALMGEEASIVSSIDELNDSEVYE cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ NLPIPNSLRCELLLVLKTQWPFDPEFWDWKTLKRQCLALMGEEASIVSSIDELNDSEVYE vars ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ α20 α21a α21b phshspph+s-hhhhh+pphsh-s-hh-h+ph++pshhhhs--hphhpph--hp-p-hh- sidechain hhhhhHHHhhHH hhhHHHHHHHHHHHHhhhhhhhhhhhh hhhhhh consensus LLLLLHHHHHHHHHHHHTTLLSLGGGLLHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLLLLLLLLLLL RaptorX CCCCCCCEEEHHHHHHHTTCCCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCTCCCCC Scratch CCCCCCCHHHHHHEEHHTCCCCCCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCTHHHHH SOPMA CCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHH APSSP 481 540 100% t..-.pt..t...hs........s........--+pK.+phKph+-tGalSARFRNWQAY 90% K..DhQ--.K-TShN...ushstsouhLpshtDEKQKK+EIKpLRERGFISARFRNWQAY 80% K.sDYQEEtKETShNGLsGGlGssSuLL+DIsDEKQKKREIKpLRERGFISARFRNWQAY 70% KssDYQEEsKETShNGLSGGlGANSGLLKDIsDEKQKKREIKQLRERGFISARFRNWQAY cons ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ KVVDYQEESKETSMNGLSGGVGANSGLLKDIGDEKQKKREIKQLRERGFISARFRNWQAY vars ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ α22 α23 α24 +hh-hp--p+-pphpshpsshshppshh+-hs--+p+++-h+ph+-+shhph+h+phphh sidechain hhhhhhhh hhhhhhhhhhhHHHHHHHHHhhhh hhHHHhhHHHH consensus LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHLLLLLLLLLHHHLLLLLL RaptorX CCCCCCCTCTCCCCTCCCTTCCCCTCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCTCCHHHHHHHHHHH Scratch HHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHTTCCEHHHCCHHHH SOPMA HHHHHHCCCCCCCECCCCCCCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHH APSSP 541 100% MQY 90% MQY 80% MQY 70% MQY cons ■■■ MQY vars ■■■ hph sidechain Hhh consensus EEE RaptorX HCC Scratch HHH SOPMA HCC APSSP

ZNF292 N-Terminal Helices

Putative alpha helix	Physico-chemical properties	Plots from HeliQuest
α0 DEEAEQERLS (3-12)	H=-0.259 μH=0.144 Z=-4
α1 VAELQRLGERLQELELQL (19-36) Very leucine zipper like	H=0.361 μH=0.421 Z=-2 Hydrophobic face L L L L L
α2 AVEAATDYCQQLCQTLLEYAE (43-63)	H=0.463 μH=0.470 Z=-4 Hydrophobic face Y A Y L A L
α3 PLPLLEVYTVAIQSYVKA (71-88)	H=0.717 μH=0.313 Z=0 Hydrophobic face V A A L Y Y P I L V
α4 ENVALVLERLALSCVELLLC (97-116)	H=0.784 μH=0.254 Z=-2 Hydrophobic face L L A A V
α5 DKQWEQFQTLVQVAHEKLME (123-142)	H=0.313 μH=0.422 Z=-2 Hydrophobic face A F L V W
α6 ELHFLATLAQE (147-157)	H=0.582 μH=0.268 Z=-2
α7 PVLCTIL (164-170)	H=1.277 Z=0
α8 KDKVNEFLAFE (177-187)	H=0.198 μH=0.318 Z=-1
α9 PILLDMRIKHLIK (189-201)	H=0.678 μH=0.279 Z=2
α10 LSQATALAKLCS (205-216)	H=0.545 μH=0.329 Z=1
α11 FKQTYLVCLCT (227-237)	H=0.887 μH=0.130 Z=1
α12 KLIEEISE (243-250)	H=0.294 Z=-2
α13 CKDALEMICNL (253-263)	H=0.620 μH=0.633 Z=-1
α14 EKSALVLCTAFLSRQLQ (269-285)	H=0.534 μH=0.236 Z=1
α15 CAWELTLFWSKLQQRV (291-306)	H=0.725 μH=0.347 Z=1 Hydrophobic face L L V W A
α16a SIQVYLERCRQLSLLT (309-324)	H=0.588 μH=0.272 Z=1
α16b VYHIFFLIKVINSE (327-340)	H=0.853 μH=0.242 Z=0
α16c LATCIELCVKALR (346-358)	H=0.726 μH=0.630 Z=1
α17 TEVKISICKTISCL (365-378)	H=0.659 μH=0.284 Z=1
α18 LEVKRACQLSEFLI (383-396)	H=0.587 μH=0.180 Z=0
α19 VDAYYAVEMLY (400-410)	H=0.678 μH=0.139 Z=-2
α20 NSLRCELLLVLK (426:437) Ambiguous	H=0.862 μH=0.197 Z=1
α21a WKTLKRQCLALM (449:460)	H=0.623 μH=0.592 Z=3
α21b EASIVSSID (463:471) Ambiguous	H=0.400 μH=0.370 Z=-2
α22 SEVYEKVVDYQE (476:487)	H=0.137 μH=0.448 Z=-3
α23 DEKQKKREIKQLRE (513:526)	H=-0.401 μH=0.309 Z=2
α24 ISARFRNWQAYM (530:541)	H=0.481 μH=0.546 Z=2

PSIPRED Results

psipred